La deuxième phase, achevée en 2011, a visé à faciliter le processus de désignation de certaines aires au delà des juridictions nationales incluses dans les aires prioritaires pour la conservation et identifiées durant la première phase, comme ASPIM, en soutenant l'établissement de procédures convenues entre les Parties  et en catalysant les groupes de travail entre pays voisins concernés.