Le PAM est géré par l'Unité de coordination du PAM (Unité Med : MEDU), chargée de son Secrétariat. Responsable du suivi et de la mise en œuvre des documents juridiques et activités du PAM, elle assume un rôle diplomatique, politique et de communication. Elle supervise les composantes du PAM, dont les six Centres d'Activités Régionales (CAR). Le PAM comprend aussi :

• La Commission Méditerranéenne du Développement Durable (CMDD) : organe consultatif de réflexion sur les politiques du PAM, elle vise à encourager le développement durable dans le bassin méditerranéen.
• Le Programme pour la protection des sites historiques côtiers : il vise à aider à protéger les sites méditerranéens d'intérêt historique menacés et offre une formation à la gestion de site.
• Le Programme d'évaluation et de maîtrise de la pollution dans la région méditerranéenne (MED POL) vise à réduire la pollution d'origine tellurique.

Les six Centres d’Activités Régionales offrent leurs expertises dans des domaines d'action spécifiques:

Le Centre d'Activités Régionales du Plan Bleu - CAR/PB (France)

Le CAR/PB adopte une approche systémique et prospective à l'environnement méditerranéen et aux questions de développement en utilisant des instruments d'observation et d'évaluation. Les experts offrent des scenarios visant à réconcilier environnement et réalités socio-économiques pour aider les pays méditerranéens à prendre leurs décisions en tenant compte de l'avenir.

Le Centre d'Activités Régionales du Programme d'Actions Prioritaires - CAR/PAP (Croatie)

Le CAR/PAP s'occupe de la gestion intégrée de la zone côtière visant à soulager les problèmes de développement sur les zones côtières bâties. Il apporte une assistance technique et s'emploie également à coordonner les Programmes d'Aménagement Côtier (PAC), qui se caractérisent par la participation de plusieurs organes locaux.

Le Centre Régional Méditerranéen pour l'Intervention d'Urgence contre la Pollution accidentelle - REMPEC (Malte)

Le REMPEC assiste les états côtiers de la Méditerranée à mettre en place leurs capacités nationales de prévention et d'intervention en cas d'accidents maritimes majeurs. Le Centre facilite également la coopération entre les pays dans la lutte contre la pollution marine accidentelle due à des substances dangereuses, les hydrocarbures inclus. Le REMPEC est géré conjointement par le PAM et l'Organisation maritime internationale (OMI site en anglais).

Le Centre Régional d’Activités d’Information et de Communication - CAR/INFO (Italie)

Le CAR/INFO offre des services de communication et un appui technique au secrétariat du PAM et aux autres composantes (CAR). Ce centre est axé sur le renforcement de la prise de conscience du public et l'établissement de partenariats multi-secteurs qui facilitent le développement durable dans toute la région méditerranéenne.

Le Centre d'Activités Régionales de la Production Propre - CAR/PP (Espagne)

Le CAR/PP encourage la réduction des déchets à la source du secteur industriel méditerranéen et s'efforce de diffuser des techniques de production propre vérifiées et contrôlées. Il organise également des programmes de formation et encourage l'échange d'experts, facilitant ainsi le transfert de technologie dans la région.

Le Centre d'Activités Régionales pour les Aires Spécialement Protégées - CAR/ASP (Tunisie)

Le CAR/ASP se concentre sur la diversité biologique et s'implique dans la protection des espèces méditerranéennes, de leurs habitats et écosystèmes. Dédié à l’assistance des Parties Contractantes dans la mise en œuvre du Protocole ASP/DB, il met au point des plans de gestion et des outils d'information visant à la surveillance continue. Il encourage également les campagnes de sensibilisation et la diffusion des informations auprès des spécialistes et des organisations internationales pertinentes, y compris les ONG.