Le principal financement régulier des activités et de la dotation en personnel du SPA/RAC provient du Fonds d’affectation spéciale pour la protection de la mer Méditerranée contre la pollution (MTF) qui est doté grace à la contribution financière des Parties contractantes.

La Tunisie contribue par l’hébergement du centre, au sein du Centre International des Technologies de l’Environnement à Tunis (CITET), et la prise en charge d’une partie du personnel.

Une recherche de financement supplémentaire est effectuée pour des actions clairement délimitées dans l’espace et le temps, en réponse à des appels internationaux à projets ou grâce à des propositions émanant spontanément de bailleurs de fonds, que ce soit de pays, institutions internationales, organisations donatrices ou secteur privé entre autres.

Les bailleurs de fonds internationaux fournissent parfois un financement externe, en réponse aux propositions de programmes d’actions environnementales ( AECID / CE / FEM / FFEM / PNUE ) le SPA/RAC travaille aussi avec des mécènes privés tel que la Fondation Total.

Certains projets sont cofinancés, en collaboration avec les secrétariats des autres Conventions et des Accords Internationaux, les OIG ou les ONG, pour des actions en faveur du développement durable et de la promotion de la biodiversité. D’autres sources de soutien peuvent s’ajouter par sponsorat.