Ce Plan d’action est le résultat d’une série d’initiatives, au niveau régional, qui ont mis l’accent sur la conservation des espèces en général et de la végétation marine en particulier. Parmi ces initiatives, il y a lieu de citer l’élaboration du "Livre Rouge, Gérard Vuignier", paru en 1990. Des spécialistes, de plusieurs pays de la région, y ont collaboré pour fournir une première synthèse des connaissances sur le statut des principales espèces végétales menacées en Méditerranée.

En 1996 les Annexes au Protocole ASP/DB ont été adoptés, dont la liste des espèces en danger ou menacées où figuraient 14 espèces végétales marines. Pour ces espèces le Protocole préconise une série de mesures telles que le suivi scientifique, l’inventaire et la protection notamment à travers le contrôle des activités humaines ainsi que l’élaboration de plans d’action spécifiques.

Lors du séminaire sur la biodiversité marine et côtière organisé par MEDMARAVIS à Alghero (Italie) du 19 au 22 janvier 1995, les participants ont recommandé un certain nombre de critères à considérer dans l’évaluation du statut d’espèces nécessitant une attention particulière. Plusieurs espèces de végétation marine ont été particulièrement identifiées comme rares, en déclin et/ou d’importance écologique en Méditerranée.

Sur la base de ces différentes initiatives et compte tenu du déclin avéré de plusieurs espèces de végétation marine, les Parties contractantes à la Convention de Barcelone, lors de leur dixième réunion ordinaire en novembre 1997 à Tunis (Tunisie), ont invité le CAR/ASP à élaborer un Plan d’action pour la conservation de la végétation marine en Méditerranée.

Le Plan d’Action pour la conservation de la Végétation marine en Mer Méditerranée a été adopté par la onzième réunion ordinaire des Parties contractantes en octobre 1999. il a ensuite été révisé en 2005.